Kualitas tamatan SMA Negeri 1 Bantul dituntut untuk memenuhi standar kompetensi . Salah satunya, selain mampu menguasai materi pelajaran, siswa harus dapat berinteraksi dan aktif dalam hubungan sosial. Kegiatan ekstrakurikuler merupakan salah satu alat pengenalan siswa pada hubungan sosial. Di dalamnya terdapat pendidikan pengenalan diri dan pengembangan kemampuan selain pemahaman materi pelajaran. Berangkat dari pemikiran tersebut, di SMA Negeri 1 Bantul diselenggarakan berbagai kegiatan ekstrakurikuler.
Selain OSIS sebagai induk kegiatan ektrakurikuler di sekolah, kegiatan ektrakurikuler lainnya adalah :
• PMR
• Atletik
• Bahasa dan Aksara Jawa
• Batik
• Bola Basket Putra
• Bola Basket Putri
• Bola Voli Putra
• Bola Voli Putri
• Bridge
• Bulutangkis
• Desain Poster
• FIKSI
• Film Pendek
• Fotografi
• Futsal Putra
• Gitar Solo
• Jurnalistik
• Kaligrafi
• Karawitan
• Kempo
• Klub OSN Astronomi
• Klub OSN Biologi
• Klub OSN Ekonomi
• Klub OSN Fisika
• Klub OSN Geografi
• Klub OSN Informatika
• Klub OSN Kebumian
• Klub OSN Kimia
• Klub OSN Matematika
• Komik Digital
• OPSI
• PBB
• Pencak Silat
• Public Speaking
• Qiro’ah
• Solo Vocal
• Taekwondo
• Tari
• Teater